Jelenleg a kis méretű, nyújtott, poligonális szentélyű, gótikus szerzetesi templom romjait láthatjuk a területen, melyet még Dr. Méri István tárt fel 1959-ben és 1961-ben. Északi falához csatlakozott a monostor, ennek falmaradványai, a sekrestye és káptalantermének szentélyrészlete figyelhető meg. A védőtető alatt a kápolna szentélyének romjai vannak.
Kesztölc első írásos említése 1075-ből maradt fenn, Kestelci alakban. Ekkor a Garamszentbenedeki apátság birtoka volt. A klastrompusztai Szent Kereszt-monostor 1250-től 1304-ig volt a rend központja. Ezekben az években itt volt a rendfőnök, a generális székhelye, aki mellett a monostornak külön elöljárója volt, a prior vagy perjel. Özséb esztergomi kanonok a tatárjárás után az innen kissé délebbre emelkedő Csévi szirtek oldalában nyíló hármas barlangban gyűjtötte össze a Pilis remetéit, akikkel 1250 táján a Szent Kereszt tiszteletére templomot emelt itt, majd kolostort létesített. Özséb 1250-től 1270-ig volt a pálosok generálisa, ez alatt a perjel Benedek volt. 1270. január 20-án halt meg Özséb, és Benedek lett a rendfőnök 1290-ig. 1285-ben királyi hadak égették fel a rendházat. A kezdetben egyszerű épületet a XIII. század végén átépítették, és a kornak megfelelő, gótikus templomot emeltek, aminek északi oldalához csatlakozott a négyszögletes udvart körülvevő kolostorépület.
1287-ben Pilisszentlélek határában lévő pálos Szentlélek-monostort a klastromi Szent Kereszt-monostor szerzetesei népesítették be. 1289-ben IV. László király a pálosoknak adományozza Üllőkő földjét. Benedek halála után István lett szerzetesrend generálisa, akit tisztségében Ladomér esztergomi érsek erősített meg. István megbízásából a Szent Kereszt monostor új perjele, Lőrinc az esztergomi egyházmegyében élő pálos szerzetesrendek számára külön szabályzatot kért az esztergomi érsektől, Ladomértől. 1297-ben készült el az új regula. István 1300-ban halt meg. Őt is, ahogy Özsébet és Benedeket is a Szent Kereszt monostorban temették el. 1304-ben az új rendfőnök, Lőrinc új monostort alapított Buda mellett, és hamarosan ez a monostor lett a pálos rend végleges központja.
A monostort a XVI. századi török hadjáratok során, Buda, Visegrád és Esztergom elfoglalását követően a törökök felgyújtották, és elpusztult. A maradványokat ezután meghódította a természet. Bokrok, fák nőttek a középkori épületromok felett. Ezzel magyarázható, hogy a török kiűzése után, elpusztult monostoraikat kereső pálos szerzetesek nem találták a monostor elrejtett maradványait, helyette a Pilis túloldalán lévő Pilisszentkereszt község cisztercita kolostor maradványait vélték a Szent Kereszt monostor maradványainak. Warsányi István pálos szerzetes, aki szintén a monostor területén nyugszik, az alapításról verset írt. Kőbe véste még a török pusztítás előtt, így maradt az utókorra. Romjaiból a helyi lakosság évszázadokon keresztül hordta a követ építkezéseihez.
1959-ben és 1961-ben régészeti feltárásokat végeztek, melynek során feltárták a templom, a sekrestye, a házikápolna és a káptalanterem maradványait.
Legutóbbi 2013-ban folyt ásatás a területen. A közel egy hónapig tartó ásatás elsődleges célja a korábban egy védett fa kiterjedt gyökérzete miatt csak részben hozzáférhető káptalanterem régészeti feltárásának befejezése volt. Az ásatások során nemcsak a szerzetesi élet egyik legfontosabb helyszínének számító helyiség és csodálatos épségben megmaradt téglapadlója került elő, hanem a késő középkori szerzetesi élet számos tárgyi emlékének töredéke is.